จักรพรรดินรโซอีทรงพยายามใช้พระราชอำนาจของพระนางในทันทีและบีบบังคับให้จักรพรรดินีธีโอโดรากลับไปประทับยังอารามดังเดิม แต่วุฒิสภาและสาธารณชนเรียกร้องให้สองภคินีเป็นประมุขร่วมกัน[37] ในช่วงแรกจักรพรรดินีธีโอโดรสถูกเรียกร้องให้ดำเนินการจัดการกับอดีตจักรพรรดิมิคาเอลที่ 5 จักรพรรดินีโซอี พระเชษฐภคินีประสงค์ให้มีการพระราชทานอภัยโทษและปล่อยอดีตจักรพรรดิ แต่จักรพรรดินีธีโอโดราทรงมีเจตนารมณ์ที่ชัดเจนและยืนกราน ในตอนแรกพระนางรับประกันความปลอดภัยให้มิคาเอลที่ 5 แต่จากนั้นพระนางมีพระเสาวณีย์ทำให้อดีตจักรพรรดิพระเนตรบอดและส่งไปดำรงพระชนม์ชีพที่เหลือในฐานะพระ[38]

พระนางโซอีเป็นจักรพรรดินีอาวุโสอย่างเป็นทางการและราชบัลลังก์ของพระนางอยู่เบื้องหน้าบัลลังก์ของจักรพรรดินีธีโอโดราเพียงเล็กน้อยในวาระที่สาธารณชนเข้าเฝ้า แต่ในทางปฏิบัติ จักรพรรดินีธีโอโดรสทรงเป็นแรงผลักดันให้สองประมุขบริหารราชการร่วมกัน ภคินีทั้งสองดำเนินการบริหารกิจการของจักรวรรดิโดยมุ่งเน้นการเพิ่มขอบเขตการบริหารกิจการสาธารณะและการบริหารงานด้านยุติธรรม[39] แม้ว่าตามข้อความของนักประวัติศาสตร์ร่วมสมัยอย่าง มิคาเอล พเซลลัส ที่มองว่าการครองราชย์ร่วมกันคือความล้มเหลวอย่างสิ้นเชิง แต่นักประวัติศาสตร์ จอห์น ไซลิตเซส มองว่าสองภคินีมีความตระหนักเพื่อแก้ไขความผิดพลาดในรัชกาลก่อนๆ[40]

จักรพรรดินีธีโอโดราและจักรพรรดินีโซอีปรากฏพระองค์ร่วมกันในการประชุมของวุฒิสภาและสาธารณชน แต่ไม่ช้าก็พบว่าการครองราชย์ร่วมกันนั้นเต็มไปด้วยความตึงเครียด[41] จักรพรรดินีโซอียังคงริษยาจักรพรรดินีธีโอโดรา และพระนางไม่มีพระประสงค์ที่จะบริหารจักรวรรดิ แต่พระนางก็ไม่ยอมที่จะให้จักรพรรดินีธีโอโดราบริหารจักรวรรดิเพียงพระองค์เดียวได้ ราชวำนักแบ่งเป็นฝักฝ่ายที่สนับสนุนจักรพรรดินีแต่ละพระองค์[41] หลังจากนั้นสองเดือนความขัดแย้งก็ทวีมากขึ้น เมื่อจักรพรรดินีโซอีมีพระประสงค์ที่จะอภิเษกสมรสใหม่ เพื่อป้องกันไม่ให้จักรพรรดินีธีโอโดราแสวงหาอิทธิพลมากขึ้น[42] ตามกฎของศาสนจักรอีสเทิร์นออร์ทอดอกซ์ การอภิเษกสมรสครั้งที่สามของพระนางได้รับการอนุญาต[5]

ผู้ที่พระนางโปรดปรานคือ คอนสแตนตินอส ดาลาสเซนอส ซึ่งเคยเป็นว่าที่คู่หมายคนแรกของพระนางที่พระราชบิดาแนะนำให้ในปีค.ศ. 1028 เขาถูกนำตัวมาเข้าเฝ้าเบื้องพระพักตร์จักรพรรดินี แต่ระหว่างสนทนากัน ดาลาสเซนอสเปิดเผยและมีกิริยามารยาทที่รุนแรงเกินไป สร้างความไม่พอพระทัยแก่จักรพรรดินีโซอี เขาจึงถูกไล่ออกไป[41] ตัวเลือกถัดไปของพระนางคือ คอนสแตนตินอส อาโทรคลิเนส ชายผู้สมรสแล้ว และเป็นข้าราชการในราชสำนัก และมีข่าวลือว่าเขาเคยมีความสัมพันธ์กับพระนางในสมัยรัชกาลจักรพรรดิโรมานอสที่ 3 มาแล้ว[20] แต่สุดท้ายเขาตายอย่างเป็นปริศนาไม่กี่วันก่อนพิธีอภิเษกสมรส คาดว่าถูกวางยาพิษโดยอดีตภรรยาที่ถูกเขาหย่าร้าง[41]

จักรพรรดินีโซอีทรงจดจำคอนสแตนตินอส โมโนมาโชส อดีตคนรักของพระนาง[20] ผู้หล่อเหลาและสุภาพ[41] ทั้งคู่อภิเษกสมรสในวันที่ 11 มิถุนายน ค.ศ. 1042 โดยไม่ผ่านการทำพิธีจากอัครบิดรอเล็กซิออส ผู้ที่ปฏิเสธจะประกอบพิธีอภิเษกสมรสครั้งที่สามให้พระนางและคอนสแตนตินอสด้วย[43] ในวันถัดมาเขาได้รับการสถาปนาเป็นจักรพรรดิคอนสแตนตินอสที่ 9 ได้รับการประกาศเป็นจักรพรรดิร่วมกับจักรพรรดินีโซอีและจักรพรรดินีธีโอโดรา[43]

แต่จักรพรรดินีโซอีทรงต้องต่อรองกับจักรพรรดิคอนสแตนตินอสเมื่อเขานำนางสนม มาเรีย สเคราอีนา มาร่วมราชสำนักด้วย[44] แม้พระนางไม่พอพระทัยที่จะให้มาเรียมาร่วมราชสำนักด้วย แต่จักรพรรดิคอนสแตนตินอสทรงยืนยันว่าพระองค์ต้องได้รับอนุญาตให้แบ่งปันชีวิตทางสาธารณะร่วมกับมาเรียด้วย และเธอจะต้องได้รับการยอมรับอย่างเป็นทางการ[45] จักรพรรดินีโซอีวัย 64 พรรษา ไม่ทรงคัดค้านที่จะแบ่งปันแท่นบรรเทาและราชบัลลังก์กับสเคราอีนา สเคราอีนาได้รับตำแหน่ง "เซบาสเต" มีลำดับโปเจียมอยู่เบื้องหลังจักรพรรดินีโซอีและจักรพรรดินีธีโอโดรา และมักถูกเรียกว่า พระสนมหรือบางครั้งถูกเรียกว่าจักรพรรดินี เหมือนทั้งสองภคินี ในวโรกาสทางการต่างๆ สเคราอินาจะมีตำแหน่งตามหลังสองภคินี[5]

ในมุมมองของสาธารณชน การที่จักรพรรดิคอนสแตนตินอสที่ 9 ให้ความสำคัญกับสเคราอินานั้นเป็นเรื่องอื้อฉาว และเกิดการแพร่กระจายข่าวลือไปทั่วว่า สเคราอินาวางแผนลอบปลงพระชนม์จักรพรรดินีโซอี หรือจักรพรรดินีธีโอโดรา[46] สิ่งนี้นำไปสู่การลุกฮือของพลเมืองคอนสแตนติโนเปิลในปีค.ศ. 1044 ซึ่งฝูงชนเกือบจะเข้ามาทำร้ายจักรพรรดิคอนสแตนตินอส ซึ่งกำลังทรงประกอบพิธีขบวนทางศาสนาในท้องถนนของคอนสแตนติโนเปิล[47] ฝูงชนสงบลงเมื่อจักรพรรดินีโซอีและจักรพรรดินีธีโอโดราปรากฏตัวบนระเบียงของพระราชวัง เพื่อให้ประชาชนมั่นใจว่าพระนางทั้งสองไม่ได้ถูกลอบสังหารแต่อย่างใด[47]

มีการบันทึกว้า จักรพรรดินีโซอีทรงสิริโฉมงดงาม และมิคาเอล พเซลลัสบันทึกในงานเขียน โครโนกราเฟีย ระบุว่า "พระวรกายของพระองค์ทุกส่วนยังคงแข็งแกร่งและสุขภาพพลานามัยดี"[48] จักรพรรดินีโซอีทรงใช้ความสิริโฉมของพระนางเป็นเครื่องมือในศิลปการปกครองประเทศ ทรงพยายามที่จะเติมเต็มความงามและคงความอ่อนเยาว์ด้วยการที่ทรงใช้ครีมบำรุงผิวหลากหลายชนิดที่จัดเตรียมไว้ในไกนาซีอุม กล่าวกันว่าทรงทดลองแต่ละครีมเพื่อทดสอบประสิทธิภาพของมัน พระนางทรงมีห้องเครื่องสำอางในพระราชวังเพื่อจัดเตรียมน้ำหอมและน้ำมันหอมตลอดเวลา พเซลลัสบรรยายว่าพระพักตร์ของพระนางทรงดูอ่อนเยาว์มากในวัยหกสิบกว่าพรรษา[5][49] จักรพรรดินีโซอีเสด็จสวรรคตในวันที่ 11 มิถุนายน ค.ศ. 1050 สิริพระชนมายุ 72 พรรษา[50]